Как и в любом другом виде синематографа, обилие сюжетов аниме ограничено лишь фантазией сценариста. Вместе с аниме, повествующими о параллельных реальностях и космосе, есть аниме, описывающие исторические действия, либо даже воссоздающие ежедневную жизнь основных героев в самом обыкновенном Токио. Тем более, разные жанры накладывают разные отпечатки на сюжеты аниме, и часто определяют общую манеру построения либо главные вехи сюжетной полосы телесериала.

Так, к примеру, произведения, именуемые «сенэн-адвенчер» (shounen-adventure - приключения для мужчин) часто имеют прогнозируемый канонический вид: огромную часть телесериала основной герой собирает команду приверженцев и обучается новеньким приемам ведения боя, преодолевая при всем этом маленькие возникающие трудности, чтоб в конце концов одолеть превосходящего по силам противника. После чего сериал или заканчивается, или ворачивается к началу: обозначается наиболее мощный, наиболее страшный неприятель. Один таковой цикл время от времени именуют аркой (от англ. arc). Примером классической shounen-adventure может служить «Rurouni Kenshin» - эпос о Химуре Кэнсине, самурае времен реставрации Мэйдзи, умеющем, но не желающем больше убивать.

Всераспространено также необычное скрещивание обычных шаблонов. К примеру, комедия/боевик «Стальная тревога» повествует о юном, но бравом вояке Сагаре Сосуке, которого определили на учебу в школу - охранять потенциальную жертву. Гармоничное переплетение школьных комедийных сценок и сурового военизированного сюжета компенсирует недочеты обеих линий по отдельности.

Невзирая на богатство телесериалов, изготовленных по канонам жанра, не убывает и количество уникальных, не поддающихся четкой классификации произведений. Примером телесериала с необычной сюжетной линией может служить «GANTZ» - боевик, главные герои которого - Кэй Куроно и Масару Като - погибли под колесами поезда метро, но были воскрешены неподвижным черным шаром, занимающим половину комнаты в токийской гостинице - для того, чтоб участвовать в беспощадной игре на выживание, выйти из которой можно, только заработав 100 очков.

Вселенные, в каких происходит действие телесериалов, могут принимать любые формы, от классических фэнтези-миров до популяризованных южноамериканскими создателями киберпанка («Ghost in the Shell», «Serial Experiments Lain») либо развитого Аниме паропанка («Fullmetal Alchemist», «Стимбой»). Истории умопомрачительных миров могут серьезно различаться от обычной нам: так, в аниме «Fullmetal Alchemist» заместо физики развито искусство алхимии, в Аниме «Trigun» действие происходит в дальнем будущем, на пустынной планетке, посреди останков потерянных технологий. Сериал «Волчий дождь» рисует постапокалиптический мир, в каком люди в один прекрасный момент проиграли сами для себя, и оставили большие поля схваток, усеяные скелетами боевых устройств.

Крупная часть аниме-сериалов владеет ярко выраженным чувственным и идейным подтекстом. Режиссер видами делает пригодный чувственный фон для передачи собственных мыслей. Популярными идеями являются: мысль стойкости, нежелания сдаваться сколь угодно могущественным людям либо происшествиям, идеи самоопределения и выбора жизненного пути, мораль человека. Разный возраст мотивированной аудитории часто влияет на идейный подтекст произведения: shounen-adventure, традиционно адресуемые юношам старше 12-ти лет, почаще содержат «простой» чувственный ряд (не сдаваться, защищать друзей, и т. д.) с наименьшей проработкой деталей, чем философские либо психические произведения для взрослых. «Простота», но, не значит, что идеи таковых телесериалов «детские» либо даже «наивные», «максималистские» - либо что такие телесериалы не рассчитаны на старшее поколение. В наиболее суровых телесериалах рассматриваются вопросы смысла жизни, морали, трудности эскапизма, одиночества и разделенности людей, религии.

Нередко сюжет и стилистика Аниме заимствуются из экранизируемого произведения, традиционно - манги либо «легкой новеллы». Время от времени при всем этом сюжет аниме может довольно сильно различаться от сюжета экранизируемой манги: так, в аниме могут быть добавлены герои, отсутствующие в манге, изменена концовка и тому схожее.